Dans les années 1600, John Backthorne, un navigateur anglais, aborde aux côtes du Japon.
Dans ce pays inconnu, mystérieusement, en proie à de sauvages divisions féodales et où s'accomplit l'irrésistible ascension de Toranaga, qui deviendra "Shogun", le maître du Japon, John Backthorne va vivre une extraordinaire aventure. D'une foule de personnages vivants et divers, père jésuites, guerriers, prostituées, se détache la figure de la très belle Mariko, épouse d'un samourai, qui s'éprend de Backthorne.
Leur amour sera semé de guets-apens, d'intrigues cruelles et d'assassinats...
Dans cette vaste saga, deux civilisations s'affrontent. Le Japon révèle aux yeux d'un Occidental tous ses contrastes: sa férocité et les rites de sa politesse, les raffinements de son érotisme et sa fascination de la mort.
